กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร ได้ดำเนินการขอปรับปรุงโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการภายในของสำนักงาน ปปง. ตามแนวทางของหนังสือสำนักงาน ก.พ.ร. ด่วนที่สุด ที่ นร ๑๒๐๐/ว๓ ลงวันที่ ๘ มีนาคม ๒๕๖๒ เรื่อง การมอบอำนาจการแบ่งส่วนราชการภายในกรม โดยแนวทางดังกล่าวกำหนดให้ สำนักงาน ก.พ.ร. จัดประชุมคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ เพื่อพิจารณาการปรับปรุงโครงสร้างการแบ่งส่วนราชการภายในของสำนักงาน ปปง. ซึ่งที่ประชุมมีมติเห็นชอบให้จัดตั้งส่วนราชการใหม่ จำนวน 4 ส่วนราชการ ได้แก่
(1) กองคดี 4
(2) กองคดี 5
(3) กองป้องกันและปราบปรามการสนับสนุนทางการเงินแก่การก่อการร้าย
(4) กองความร่วมมือและพัฒนามาตรฐาน
และเห็นชอบการยุบเลิกหรือยุบรวมภารกิจ/หน่วยงานที่มีอยู่เดิม (One-in, X-out) จำนวน 1 ส่วนราชการ คือ กองความร่วมมือระหว่างประเทศ